Fox je objavil malo več informacij o tretji sezoni:
Organizacija, ki je v zapor spravila Lincolna, je tokrat spravila v zapor Sona Michaela. Poskrbel naj bi, da bo iz zapora ušel Whistler, skrivnostni zapornik, ki se skriva v odtočnih jaških zapora. Zapor so zapustili vsi stražarji, tako da z njim sedaj upravlja zapornik, mamilaški kralj Lechero.
Poleg Lechera bodo Michaela ogrožali Mahone, Bellick in T-Bag.
Lincoln bo od zunaj pomagal organizirati pobeg, rešiti svojega sina LJ-ja ter Saro. Pomagal mu bo Sucre ter dve ženski - Susan B. Anthony (operativka "Organizacije") ter Sofia (Whistlerjeva prijateljica).