V Skype Tools / Options imaš pod Advanced opcijo "Use Skype to call callto: links on the web"
To izklopi (razen če bi te URL dejansko rad klical).
Drugače pa je še en plugin v browserju, če se prav spomnim. V Firefox-u imaš meni "Add-ons" in tam noter ga disable-aj ali Remove-aj.
V IE pa se verjetno skriva v meniju Tools / Manage Add-ons