Zaradi potreb računovodskega in davčnega nadzora in morebitnih sporov, moramo poslovno dokumentacijo hraniti za določen čas, morda pa tudi trajno. Knjigovodske listine se hranijo v izvirnikih na papirju ali pri računalniškem oziroma mikrografskem obravnavanju na nosilcih podatkov, na katetre se prenašajo z izvirnikov. Ob upoštevanju ustreznih predpisov lahko podjetje samo določi, po kolikšnem času od dneva sprejetja in potrditve računovodskih izkazov bo shranilo poslovne knjige na elektronskem nosilcu, izvirne poslovne knjige pa uničilo.
Podjetje mora v svojih aktih opredeliti način hrambe knjigovodskih listin (v papirni obliki ali v obliki elektronskih zapisov). Tudi roke hrambe poslovne dokumentacije, povezane z davščinami, opredeli podjetje v svojih aktih, pri čemer upošteva ustrezne predpise.
Zakon o davku na dodano vrednost v 86. členu določa, da je davčni zavezanec dolžan hraniti vso prejeto in izdano dokumentacijo, še posebej pa:
prejete in izdane račune,
dokumente o popravkih računov,
dokumente o opravljenem izvozu in uvozu,
finančno dokumentacijo,
dokumente na podlagi katerih je uveljavljal oprostitev DDV
obračune DDV in
vse druge knjigovodske listine, ki se kakorkoli nanašajo na promet blaga in storitev oziroma na uvoz blaga in so pomembni za obračunavanje in plačevanje DDV,
najmanj 10 let po poteku leta, na katero se te listine nanašajo.
Ne glede na prejšnji odstavek je davčni zavezanec dolžan dokumentacijo, ki se nanaša na obdavčevanje nepremičnin, hraniti najmanj 20 let po poteku leta, na katero se nanaša. Navedeno velja tudi za račune, ki jih davčni zavezanec prejme od oseb, ki so oproščene obračunavanja DDV. Dokumentacijo so dolžni hraniti tudi podjetniki in pravne osebe, ki niso zavezanci za DDV.
Zakon o gospodarskih družbah v 54. členu določa, da se morajo poslovne knjige enkrat letno zaključiti in da je treba poslovne knjige, bilanco stanja, izkaz poslovnega izida ter letna in poslovna poročila, hraniti trajno.
Trajno je potrebno hraniti tudi dokumentacijo, ki se nanaša na zaposlovanje (plačilne liste za zaposlene in ostalo zaposlitveno dokumentacijo).
V skladu s šestim odstavkom 32. člena Zakona o davčnem postopku mora oseba, ki je prenehala in je bila dolžna voditi poslovne knjige in evidence, ali njen pravni naslednik ob prenehanju obvestiti davčni organ, kje se hrani dokumentacija in kdo hrani dokumentacijo.